Dopo che il piano di Raina le si è ritorto contro, Ryan cerca di fare la stessa cosa creando un diversivo coinvolgendo il suo vecchio compagno della Farm, Harry Doyle, compromettendo Alex, che viene portata via dai terroristi. Alex ingaggia uno scontro con un’altra terrorista e alla fine la uccide. Nel frattempo Miranda, ancora in contatto con i terroristi, sospetta che il gruppo investigato da Alex e Ryan alla Farm (detto “AIC”) possa essere dietro l’attacco. In un flashback della Farm, gli apprendisti della CIA cominciano il loro allenamento di valutazione nelle foresta vicina, ma falliscono la prova anche se sono riusciti a tornare indietro. Alex e Ryan cooperano con i loro tutori, Shelby e Raina, per posizionare una cimice in una delle stanze dei loro compagni, ma si sentono solo interferenze, segno che qualcuno aveva già piazzato una cimice prima di loro. Più tardi, per cercare di capire di più su Alex, Harry incontra uno dei vecchi compagni di Quantico della ragazza: Will Olsen.