Lydia dice ad Alex che l’CLF sta cercando un set di hard drive che contengono informazioni importanti, ma c’è bisogno di un hacker per decriptarle. Quando Alex e Lydia trovano i dischi, Alex pensa che sia giusto distruggerli, ma viene stesa da Lydia, che lascia Alex legata e fa partire l’allarme. Nel frattempo, Raina è portata indietro dagli ostaggi rimanenti. Insieme a Dayana, Leigh, Harry, Leon e Sebastian, cercano di capire ciò che li accomuna. Successivamente l’CFL uccide pubblicamente Leigh, dopo aver trovato dei difetti nella sua interrogazione. È rivelato inoltre che Raina invece è Nimah, che sta lavorando per l’CFL, e che la vera Raina è legata da un’altra parte. Nei flashback della Farm, gli allievi devono decidere se usare un drone per uccidere un potenziale terrorista usando i dati che hanno, ma sono incerti sulla fedeltà e la credibilità dei dati. Mentre tutto il resto delle reclute dice SI, Alex rimane l’unica a sostenere il NO. Tuttavia, il drone uccide il terrorista e soltanto in quel momento Owen dice a tutti che le fonti erano accurate e giuste. Harry vuole ancora informazioni riguardo a Ryan e alla sua sotto-copertura. Nimah scopre che Shelby e Leon stanno diventando sempre più intimi e invita lei a creare una copertura.