Godzilla è un’enorme creatura di origine preistorica a lungo ritenuta una leggenda. Quando nel 1954 viene avvistata per la prima volta, il mondo cerca di distruggerla, mascherando gli attacchi come test nucleari. Una volta appurata l’impossibilità di uccidere Godzilla, le varie nazioni danno origine all’associazione M.O.N.A.R.C.H., con lo scopo di tenerla sotto controllo e nasconderla al mondo.
Ma Godzilla non è solo. Qualche anno dopo, nel 1999, viene rinvenuto un fossile con due crisalidi ancora vive. Sono di altri due mostri preistorici, ribattezzati M.U.T.O: organismo terrestre gigantesco non identificato. Una di queste creature, liberatasi, è arrivata alla centrale nucleare di Janjira, città vicino a Tokyo, causandone il crollo. Nell’incidente, subito insabbiato e presentato come un terremoto, muore la moglie di Joe Brody, il supervisore della centrale.
Quindici anni dopo Joe Brody non si dà pace. È fermamente convinto che dietro quell’incidente ci fosse tutt’altro che una calamità naturale. La sua tenacia lo condurrà alla verità, insieme al figlio, il tenente Ford Brody.